주택세제의 거주 중심 전환, 시장을 더 경직시킬 수 있다

최종 수정일 : 2026-08-04

발행처	자유기업원 (Center for Free Enterprise)
발행인	최승노 (자유기업원 원장)
집필자	고광용 정책실장 · 최현조 연구원
발간일	2026년 8월 5일
시리즈	이슈와자유 (Issue & Free) 제27호
원문 링크	원문 보기
문의	02-3774-5000, ggy@cfe.org

1. 개편안의 성격: 가액 기준 합리화와 거주 중심 강화의 결합
2. 주요 개편 내용과 쟁점
3. 보유공제의 거주공제 전환이 초래할 문제
4. 시장에 미치는 예상 경로
5. 해외 사례: 거주 우대와 완충장치의 결합
6. 결론 및 7가지 정책제언
참고문헌

1. 개편안의 성격: 가액 기준 합리화와 거주 중심 강화의 결합

정부는 2026년 세제개편안에서 종부세 세율체계를 주택 수에서 주택가액 기준으로 바꾸고, 양도세·종부세의 장기공제를 보유기간보다 거주기간 중심으로 재설계한다. 임대주택 특례, 일시적 2주택, 다주택자 양도세 중과까지 동시에 손질하는 패키지 개편이다.

핵심 논점: 이번 개편은 단순히 세목을 조정하는 것이 아니라, 주택의 보유·거주·임대·매도 선택 전반에 영향을 미치는 정책유도형 세제로 평가해야 한다. 중요한 것은 각 조치의 명분이 아니라 여러 변화가 동시에 적용될 때 납세자와 주택시장에 나타나는 결합효과다.

14억

종부세 기본공제
(거주 1주택)

9억

종부세 기본공제
(비거주 1주택)

5억

거주·비거주 간
기본공제 격차

200%

세부담 상한
(현행 150%→)

2. 주요 개편 내용과 쟁점

2026년 부동산세제 개편안은 장기공제 구조, 종부세 기본공제, 공정시장가액비율, 세율, 세액공제 상한, 일시적 2주택, 매입임대 아파트 특례 등 7개 영역을 동시에 개편한다.

구분	현행	정부안	핵심 쟁점
1주택 장기공제	보유 연 4% + 거주 연 4% (최대 80%)	2028년 보유 2%+거주 6% 2029년 이후 거주 연 8%	보유기간의 경제적 의미 축소
장기공제 한도	별도 금액 한도 없음	2028년 20억 원 2029년 이후 10억 원	고가·장기보유자의 세 부담 증가
종부세 기본공제	1세대 1주택 12억 원	거주 14억 원 / 비거주 9억 원	동일가액 주택의 거주 여부별 차등
공정시장가액비율	주택분 60%	2027년 70% / 3주택 이상 2028년 80%	과세표준의 단계적 확대
종부세 세율	주택 수별 차등	2028년부터 가액 기준 일원화 6~12억 구간 1.0%→1.3%	주택 수 기준 폐지는 긍정적이나 세율 인상 병행
세액공제·상한	보유공제, 금액한도 없음 세부담 상한 150%	거주공제로 전환 800만→600만 원 한도, 세부담 상한 200%	세 부담 증가 속도 확대
일시적 2주택	조정대상지역 3년	2년	정상적인 주택 교체 제약
매입임대 아파트	중과 배제·장기공제 우대	2028년 축소, 2029년 이후 폐지	정책 신뢰와 임대공급 문제

가액 기준 전환: 긍정적이지만 증세와 분리해야

✅ 가액 기준 전환의 장점

지방 저가주택·소형 임대주택의 중과 완화
합산 자산가액과 납세능력에 연계 → 조세중립성 부합
지방 세컨드홈 수요 왜곡 축소
제도의 일관성·예측 가능성 향상

❌ 동반 조치의 문제

세율 인상(1.0%→1.3%)이 단순화 효과를 상쇄
공정시장가액비율 60%→70%/80% 단계 인상
세부담 상한 150%→200% 확대로 급격한 부담 증가
기본공제 축소·세율·과세표준 중첩 시 비선형적 증세

⚠️ 결합효과 경고: 기본공제 축소, 공정시장가액비율 인상, 세율 인상, 세부담 상한 확대가 동시에 비거주 1주택자에게 중첩 적용되면, 개별 조치로는 단계적 조정처럼 보여도 실제 세 부담은 비선형적으로 급증할 수 있다.

3. 보유공제의 거주공제 전환이 초래할 문제

1세대 1주택 양도세 장기공제 구조의 단계적 전환

현행~2027년

보유 연 4%

거주 연 4%

최대 80%

→

2028년

보유 연 2%

거주 연 6%

보유 비중 축소

→

2029년 이후

보유 공제 소멸

거주 연 8%

보유 공제 사실상 폐지

그림 1. 보유공제에서 거주공제로의 단계적 전환 (재정경제부, 2026a; 2026c를 바탕으로 작성)

3가지 핵심 문제

① 거주 여부는 투기성의 완전한 대리변수가 아님: 직장 이동, 부모 부양, 자녀 교육, 해외 근무, 재건축 등으로 비거주할 경우 이는 투자 목적이 아닌 생활 여건의 결과다. 비거주 주택도 임대를 통해 주거서비스를 공급하는 자산이다.

                    ② 거주 판정 확대 → 세제 복잡성 증가: 취학·근무상 형편, 등록임대, 재개발·재건축 공사기간 등 비거주 예외가 늘어날수록 납세자의 입증 부담과 과세당국의 행정비용·분쟁 가능성이 커진다. 단순화를 목표로 하면서 복잡한 예외를 덧붙이는 것은 방향이 상충된다.
                

⚠️ ③ 보유세의 법적 성격과 충돌: 종합부동산세법 제1조는 '고액 부동산 보유자의 조세부담 형평성 제고'를 목적으로 한다. 거주 여부에 따라 기본공제를 5억 원 차등 적용하면, 종부세는 보유세에서 행태교정세로 성격이 변질된다. 과세요건을 대통령령에 폭넓게 위임하면 조세법률주의와도 긴장이 커진다.

비거주 1주택자에 대한 중첩 부담 현황

기본공제 (12억 → 9억, 25% 축소) ▼ 25%

공정시장가액비율 (60% → 70~80%) ▲ 17~33%

세액공제 한도 (800만 → 600만 원) ▼ 25%

세부담 상한 (150% → 200%) ▲ 33%

4. 시장에 미치는 예상 경로

거주유도형 부동산세제의 예상 전달경로

📋

제도 변화

비거주 기본공제 축소
공정시장가액비율 인상
보유공제→거주공제

→

🏠

소유자 반응

자기 집 실입주
임대주택 회수
보유·매도 시점 조정

→

📉

일반 시장 경로

거래 잠김 또는
매물 집중
주거·노동 이동성 저하

→

🏙️

핵심지 역설

강남권 전월세 감소
실거주 수요 집중
매매·임대가격 상승 가능

그림 2. 거주유도형 부동산세제의 예상 전달경로 (재정경제부 2026a, OECD 2022; 2025 바탕)

4가지 시장 위험

⚠️ 강남 등 핵심지에서의 역설: 강남 주택을 임대하고 다른 지역에서 전세로 살던 소유자가 세 부담을 피해 자기 집으로 입주하면, 강남 임대주택이 회수된다. 지역·학군 차이로 대체가 제한적일 때 강남 전·월세 매물 잠김과 임대료 상승 압력이 오히려 커질 수 있다.

                    📌 한시적 양도세 완화의 부작용: 2027~2028년에만 다주택자 중과세율을 완화하면 납세자는 시장 상황보다 세제 적용기간에 맞춰 매도 시점을 결정한다. 특정 기간에 매물이 집중되고 종료 후 다시 잠기는 단기 왜곡이 발생한다.
                

임대주택 비용의 전가 가능성: 비거주주택의 종부세·양도세 부담이 커지면 임대사업 수익이 낮아져 신규 공급이 줄거나, 세 부담이 임대료와 보증금에 반영될 수 있다. 세입자 보호를 명분으로 임대인의 세 부담만 높이는 접근은 실제 귀착을 별도로 점검해야 한다.

⚠️ 일시적 2주택 기간 단축(3년→2년): 세입자 계약기간, 잔금·입주 일정, 거래 부진, 준공 지연 등 납세자가 통제하기 어려운 요인이 많다. 2년 안에 합리적 가격으로 종전주택을 처분하지 못해 세제상 불이익을 받을 위험이 높다.

5. 해외 사례: 거주 우대와 완충장치의 결합

OECD 다수 회원국이 주된 거주주택의 양도차익에 감면을 제공하지만, 거주 여부만으로 이분화하지 않고 금액 한도, 기간 비례 공제, 장기보유 인정, 이사 후 처분 유예를 함께 둔다.

국가	주요 제도	기준	한국에 대한 시사점
🇺🇸 미국	주된 거주주택 양도차익 제외 (개인 25만·부부 50만 달러)	양도 전 5년 중 2년 이상 소유·거주	거주요건과 명확한 금액 한도 결합
🇬🇧 영국	실제 주된 거주기간에 비례하여 Private Residence Relief 적용	마지막 9개월은 거주기간으로 자동 간주	거주·비거주를 이분법보다 기간 비례로 처리, 이사 시차 보호
🇩🇪 독일	취득 후 10년 이내 부동산 매각차익 과세 원칙	자가거주 또는 직전 2개 연도 거주 시 예외; 10년 초과 보유도 과세 제외	거주요건과 장기보유기간을 함께 인정
🇯🇵 일본	주된 거주주택 양도소득 최대 3,000만 엔 특별공제	종전 거주주택은 퇴거 후 3년이 지난 해의 말까지 처분 시 적용	이사 후 매각에 충분한 유예기간 부여

해외 사례의 공통 교훈: 실거주주택 우대 자체는 국제적으로 일반적이지만, ① 금액·기간 기준을 명확히 하고, ② 이사와 처분 사이의 시차를 보호하며, ③ 장기보유 주택의 투기성이 낮다고 인정한다. 한국도 보유·거주 병행 공제와 충분한 경과조치가 필요하다.

6. 결론 및 7가지 정책제언

2026년 개편안은 주택가액 기준 전환이라는 진전된 요소를 포함하지만, 장기보유공제 폐지·비거주 기본공제 축소·공정시장가액비율 인상·세율 인상·세부담 상한 확대가 중첩되면 합리화보다 부담 강화가 더 크게 체감된다. 세금은 국민에게 '얼마나 오래, 어느 집에 살아야 하는지'를 지시하는 수단이 되어서는 안 된다.

⚠️ 핵심 경고: 고액 부동산 보유의 형평을 조정하려는 종부세가 거주 여부를 사실상 의무화하는 수단으로 바뀌면, 보유세의 목적과 조세중립성 사이에 근본적 충돌이 발생한다.

7가지 정책제언

① 가액 기준 일원화 유지

보유세 원칙 명확화

주택 수 대신 합산 주택가액을 과세기준으로 확립. 공정시장가액비율·세율의 중장기 경로를 법률에 명확히 규정. 가액 기준 전환과 세율 인상을 분리 추진.

② 보유·거주공제 병행

장기보유의 경제적 기능 유지

거주기간 우대는 가능하나 보유공제 완전 폐지는 회피. 장기 누적차익의 명목이익 조정 기능을 유지해야 함.

③ 기본공제 축소 재검토

과세요건의 법률상 명확화

거주 14억·비거주 9억 격차를 완화하고, 불가피한 비거주를 복잡한 예외로 입증하게 하기보다 단계적 조정 방식 채택. 핵심 요건은 종부세법에 명시.

④ 일시적 2주택 3년 유지

정상적 이사 보호

세입자 계약, 거래 부진, 준공 지연 등 현실을 고려해 현행 3년 유지. 거래 위축 지역·불가피한 사유에는 추가 연장 허용.

⑤ 양도세 중과 구조개혁

한시 완화를 항구적 개편으로

2027~2028년 한시 완화 대신 주택 수 중과 폐지 또는 장기보유 주택 중과 제외. 매도 시점의 세제 왜곡 구조적 해소.

⑥ 기존 임대주택 정책 신뢰

소급 불이익 방지

신규 등록분부터 혜택 조정. 과거 정책에 따라 장기임대 의무를 부담한 사업자에게는 당초 약속한 세제조건 인정. 임대특례 성과는 공급기간·임대료 안정까지 포함 평가.

⑦ 사후 평가 의무화

지역별 시장효과 모니터링

법 시행 후 주택가격 구간·연령·소득·거주 여부별 종부세 실효세율과 강남 등 핵심지역 전월세 매물·임대료 변화를 정기 공개. 역효과 시 공제·세율 자동 재검토 장치 마련.

참고문헌 (References)

대한민국. 「대한민국헌법」 제38조·제59조.
대한민국. 「종합부동산세법」 제1조·제8조. [시행 2026. 1. 1.]
헌법재판소. 1992. 12. 24. 90헌바21 결정(과세요건법정주의·과세요건명확주의).
헌법재판소. 2024. 5. 30. 2022헌바189등 결정(2020년 귀속 종합부동산세 사건).
재정경제부. 2026a. 「2026년 세제개편안: 개조식」. 2026. 8. 3.
재정경제부. 2026b. 「2026년 세제개편안: 상세본」. 2026. 8. 3.
재정경제부. 2026c. 「2026년 세제개편안: 문답자료」. 2026. 8. 3.
OECD. 2022. Housing Taxation in OECD Countries. OECD Tax Policy Studies, No. 29.
OECD. 2025. Taxing Capital Gains: Country Experiences and Challenges. OECD Taxation Working Papers, No. 72.
Internal Revenue Service. 2026. Publication 523: Selling Your Home; Topic No. 701, Sale of Your Home.
HM Revenue & Customs. 2026. Private Residence Relief (HS283); Tax When You Sell Your Home.
Bundesministerium der Justiz. Einkommensteuergesetz (EStG), §23 Private Veräußerungsgeschäfte.
Japan National Tax Agency. 2025. No.3302 マイホームを売ったときの特例; No.3314 過去に居住していたマイホームを売ったとき.

주택세제의 거주 중심 전환,시장을 더 경직시킬 수 있다

목차